Sa femme Nathalie Marquay, miss France de 1987, avec qui il s’est marié en 2007, a publié il y a peu un simple carré noir sur son compte Instagram afin d’annoncer la disparition de son mari et d’exprimer sa tristesse.
Jean-Pierre Pernaut laisse derrière lui quatre enfants, deux qu’il a eus avec Nathalie Marquay et deux autres issus de sa précédente union avec Dominique Bonnet.
